Для начисления НДС с межценовой разницы есть два условия
Налоговую базу по НДС определяют как разницу между ценой товара с учетом НДС и ценой приобретения при реализации сельскохозяйственной продукции и продуктов ее переработки, закупленной у физлиц.
Данная норма НК применяется только к сельхозпродукциии из перечня, который утвержден постановлением Правительства от 16.05.2001 № 383. Туда, в частности, входят мясо, рыба, молоко, яйца, овощи, лекарственные травы, мед.
Таким образом, условия для исчисления НДС с межценовой разницы такие:
покупка у физлица;
товар входит в перечень.
Об этом сообщает Минфин в письме от 17.07.2024 № 03-07-11/66696.
При покупке сельхозпродукции без НДС — не у физлица — нет основания считать базу по НДС с разницы. В таком случае начислять НДС надо на всю сумму продажи.