Можно принять на вычет НДС по работам, которые суд признал выполненными. Но только в течение 3 лет
Если заказчик не признавал результаты работ, а подрядчик настаивал на факте их выполнения, то решить этот спор поможет суд. Суд может принять решение, что работы выполнены. В этом случае заказчик проводит их в учете и встает вопрос о вычете по НДС.
Его можно отразить в книге покупок на основании счета-фактуры от подрядчика после принятия на учет этих работ.
Но надо помнить о трехлетнем сроке для НДС.
Вычет может быть заявлен не позднее налогового периода, в котором истекает трехлетний срок, исчисляемый с момента принятия строительно-монтажных работ к учету.
Такой вывод делает Минфин в письме от 28.04.2023 № 03-07-10/39304.